
تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 1,030 |
تعداد مقالات | 9,098 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,338,396 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 8,571,203 |
جداسازی، همسانهسازی، بررسی بیوانفورماتیکی ویژگیهای پروتئینی و تحلیل بیان ژن دی هیدروبنزوفنانتریدین اکسیداز (DBOX) گیاه دارویی شقایق (Papaveer somniferum L.) | ||
تولیدات گیاهی | ||
مقاله 6، دوره 43، شماره 1، خرداد 1399، صفحه 67-80 اصل مقاله (576.57 K) | ||
نوع مقاله: علمی - پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22055/ppd.2020.21559.1463 | ||
نویسندگان | ||
کامران سمیعی1؛ احمد اسماعیلی* 2؛ فرهاد نظریان فیروزابادی3؛ سید محسن سهرابی4 | ||
1دانشجوی دکتری اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، لرستان، خرمآباد، ایران | ||
2استاد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران | ||
3استاد، گروه زراعت و اصلاحنباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران | ||
4دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران | ||
چکیده | ||
چکیده گیاه شقایق P. somniferum از مهمترین گیاهان داروئی به شمار رفته و تنها منبع بسیاری از آلکالوئیدهای بنزیل ایزوکوینولینی (BIAs) محسوب میگردد. آلکالوئیدهای بنزیل ایزوکوینولینی گروه بزرگ و پیچیدهای از متابولیتهای ثانویه گیاهی بوده که از خواص داروئی و درمانی قابل توجهی بر خوردار هستند. در مطالعه حاضر (در آزمایشگاه بیوتکنولوژی دانشگاه لرستان در سال 1393-1395) به منظور جداسازی و همسانهسازی ژن DBOXژنوتیپ ایرانی گیاه شقایق، ابتدا توالی موردنظر با استفاده از آغازگرهای طراحیشده، تکثیر و سپس قطعه تولیدشده به پلاسمید pTZ57R/T منتقل گردید. نتایج توالییابی قطعه 1614 جفتبازی را معین نمود که با 100 درصد همسانی با ژن DBOX گیاه شقایق شباهت داشت. توالی پروتئینی کدشده توسط این ژن مورد تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی قرار گرفت و سه دامنه عملکردی FAD binding، Berberine و FAD/FMN-containing dehydrogenase در توالی پروتئینی و وجود یک سیگنال پپتید در انتهای آمینی آن مشخص گردید. همچنین نتایج نشان داد که بیشترین تجمع پروتئین کدشده توسط ژن DBOX در ناحیه غشای سلولی و پلاسمایی بوده و بیشترین عملکرد این پروتئین در ناحیه خارج سلولی میباشد. جهت تجزیه و تحلیل بیان ژن DBOX و تعیین الگوی بیانی آن در بافتهای مختلف گیاهی، تعداد 5 کتابخانه ترنسکریپتومی حاصل از دادههای RNA-seq گیاه شقایق با شمارههای دسترسی ERX651037، ERX651023، ERX651056، ERX651082 و ERX651062 از پایگاه SRA سایت NCBI دریافت شد. تعداد توالیهای حاصل از همردیفی بین بافتهای مختلف با استفاده از آزمونهای آماری Fisher exact test و Chi-squared 2X2 مقایسه گردید. نتایج تجزیه و تحلیل بیان ژن با استفاده از تکنیک real time RT-PCR و آزمونهای In silico نشان داد که بیشترین سطح بیان این ژن در ریشه و کمترین آن در ساقه میباشد. کلیدواژهها: الگوی بیان ژن، ترنسکریپتوم، توالییابی، دامنه عملکردی، شقایق | ||
کلیدواژهها | ||
شقایق؛ DBOX؛ همسانهسازی؛ الگوی بیان ژن؛ دامنه عملکردی | ||
مراجع | ||
References Beaudoin, G. A. and Facchini, P. J. (2014). Benzylisoquinoline alkaloid biosynthesis in opium poppy. Planta, 240(1), 19-32. Custers, J. H., Harrison, S. J., Sela Buurlage, M. B., Van Deventer, E., Lageweg, W., Howe, P. W., Van Der Meijs, P. J., Ponstein, A. S., Simons, B. H. and Melchers, L. S. (2004). Isolation and characterisation of a class of carbohydrate oxidases from higher plants, with a role in active defence. The Plant Journal, 39(2), 147-160. Dastmalchi, M., Park, M. R., Morris, J. S. and Facchini, P. (2017). Family portraits: The enzymes behind benzylisoquinoline alkaloid diversity. Phytochemistry Reviews, 17(2), 1-29. Desgagne-Penix, I. and Facchini, P. J. (2012). Systematic silencing of benzylisoquinoline alkaloid biosynthetic genes reveals the major route to papaverine in opium poppy. The Plant Journal, 72(2), 331-344. Edwards, K., Johnstone, C. and Thompson, C. (1991). A simple and rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analysis. Nucleic Acids Research, 19(6), 1349. Facchini, P. J. and De Luca, V. (1994). Differential and tissue-specific expression of a gene family for tyrosine/dopa decarboxylase in opium poppy. Journal of Biological Chemistry, 269(43), 26684-26690. Fraaije, M. W. and Mattevi, A. (2000). Flavoenzymes: Diverse catalysts with recurrent features. Trends in Biochemical Sciences, 25(4), 126-132. Gesell, A., Chavez, M. L. D., Kramell, R., Piotrowski, M., Macheroux, P. and Kutchan, T. M. (2011). Heterologous expression of two FAD-dependent oxidases with (S)-tetrahydroprotoberberine oxidase activity from Argemone mexicana and Berberis wilsoniae in insect cells. Planta, 233(6), 1185-1197. Goldstein, P., Zucko, J., Vujaklija, D., Krisko, A., Hranueli, D., Long, P. F., Etchebest, C., Basrak, B. and Cullum, J. (2009). Clustering of protein domains for functional and evolutionary studies. BMC Bioinformatics, 10(1), 335-346. Hagel, J. M. and Facchini, P. J. (2013). Benzylisoquinoline alkaloid metabolism a century of discovery and a brave new world. Plant and Cell Physiology, 54(5), 647-672. Hagel, J. M., Beaudoin, G. A., Fossati, E., Ekins, A., Martin, V. J. and Facchini, P. J. (2012). Characterization of a flavoprotein oxidase from opium poppy catalyzing the final steps in sanguinarine and papaverine biosynthesis. Journal of Biological Chemistry, 287(51), 42972-42983. Jalilian, A., Ismaili, A., Nazarian Firouzabadi, F. and Hosseini, S. Z. (2017). Induction of transgenic hairy
| ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 719 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 593 |