
تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 1,029 |
تعداد مقالات | 9,099 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,297,436 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 8,533,480 |
اثر برهمکنش پلیمر و نانوحفره بر زمان عبور پلیمر از نانوحفره | ||
پژوهش سیستم های بس ذره ای | ||
مقاله 12، دوره 10، شماره 4 - شماره پیاپی 27، اسفند 1399، صفحه 150-158 اصل مقاله (421.11 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی کامل | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22055/jrmbs.2020.15558 | ||
نویسندگان | ||
روح الله عبدالوهاب* ؛ محمد رضا نیکنام حمید آباد | ||
دانشکده فیزیک، دانشگاه علم و صنعت ایران، تهران، ایران | ||
چکیده | ||
در این مقاله، عبور با استفاده از نیروی وارد به پلیمر را با استفاده از نرم افزار دینامیک مولکولی LAMMPS بهصورت 2بعدی را، شبیهسازی و بهبررسی تأثیر برهمکنش پلیمر و دیوارة نانوحفره بر زمان عبور میپردازیم. این بررسی را برای نیروهای ضعیف و متوسط و برای قطرهای مختلف نانوحفره انجام میدهیم. این شبیهسازی با دو حالت متفاوت تعادلی و غیر تعادلی آغاز میشود. نتایج شبیهسازیها نشان میدهد که در هر دو حالت تعادلی و غیر تعادلی، زمان عبور پلیمر همواره با افزایش انرژی چسبندگی و قطر نانوحفره افزایش مییابد. بهعلاوه نمای زمان عبور برحسب نیرو 9531/0– بهدست آمد که تطابق خوبی با نمونههای پیشین دارد. | ||
کلیدواژهها | ||
پلیمر؛ نانوحفره؛ شبیهسازی دینامیک مولکولی؛ عبور پلیمر | ||
مراجع | ||
[1] B. Alberts, et al., Molecular Biology of the Cell )2002( Garland Publishing. [2] A. Guyton, a.J.H., Textbook of Medical Physiology. 7th ed. (2005) Saunders. [3] D.C. Chang, Guide to Electroporation and Electrofusion. (1992) New York Academic. [4] A. Meller, Dynamics of polynucleotide transport through nanometer-scale pores. Journal of Physics: Condensed Matter 15 (2003) R581-R607. https://doi.org/10.1088/0953-8984/15/17/202 [5] R. Balasubramanian, et al. DNA Translocation through Hybrid Bilayer Nanopores, The Journal of Physical Chemistry C 123 18 (2019) 11908-11916. https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.9b00399 [6] M. Magill, E. Waller, H.W. de Haan. A sequential nanopore-channel device for polymer separation, The Journal of chemical physics 149 17 (2018) 174903. https://doi.org/10.1063/1.5037449 [7] M. Muthukumar, Polymer Translocation (2011) CRC Press. [8] M. Muthukumar, Polymer translocation through a hole, Journal of Chemical Physics, 111 22 (1999) 10371-10374. https://doi.org/10.1063/1.480386 [9] V.V. Palyulin, T. Ala-Nissila, R. Metzler, Polymer translocation: the first two decades and the recent diversification, Soft Matter 10 45 (2014) 9016-9037. https://doi.org/10.1039/C4SM01819B [10] D. Tomkiewicz, N. Nouwen, A.J.M. Driessen, Pushing, pulling and trapping–Modes of motor protein supported protein translocation, Federation of European Biochemical Societies 581 15 (2007) 2820–2828. https://doi.org/10.1016/j.febslet.2007.04.015 [11] R. Haji Abdolvahab, M.R. Ejtehadi, R. Metzler, Sequence dependence of the binding energy in chaperone-driven polymer translocation through a nanopore, Physical Review E 83 1 (2011) 011902. https://doi.org/10.1103/PhysRevE.83.011902 [12] R. Haji Abdolvahab, Chaperone-driven polymer translocation through nanopore: Spatial distribution and binding energy, European Physical Journal E 40 4 (2017) 41. https://doi.org/10.1140/epje/i2017-11528-2 [13] P. Suhonen, and R. Linna, Chaperone-assisted translocation of flexible polymers in three dimensions, Physical Review E 93 1 (2016) 012406. https://doi.org/10.1103/PhysRevE.93.012406 [14] W. Yu, K. Luo, Polymer translocation through a nanopore driven by binding particles: Influence of chain rigidity, Physical Review E 90 4 (2014) 042708. https://doi.org/10.1103/PhysRevE.90.042708 [15] W. Yu, K. Luo, Chaperone-assisted translocation of a polymer through a nanopore, Journal of the American Chemical Society 133 34 (2011) 13565-13570. https://doi.org/10.1021/ja204892z [16] J. Sarabadani, et al. Dynamics of end-pulled polymer translocation through a nanopore, Europhysics Letters 120 3 (2018) 38004. https://doi.org/10.1209/0295-5075/120/38004 [17] I. Huopaniemi, K. Luo, T. Ala-Nissila, Langevin dynamics simulations of polymer translocation through nanopores, Journal of Chemical Physics 125 12 )2006.( https://doi.org/10.1063/1.2357118 [18] I. Huopaniemi, et al., Polymer translocation through a nanopore under a pulling force, Physical Review E 75 6 (2007). https://doi.org/10.1103/PhysRevE.75.061912 [19] M Magill, C. Falconer, E. Waller, H.W. de Haan, Translocation Time through a Nanopore with an Internal Cavity Is Minimal for Polymers of Intermediate Length, Physical Review Letter 117 24 (2016) 247802. https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.117.247802 [20] V. Lehtola, R. Linna, K Kaski, Critical evaluation of the computational methods used in the forced polymer translocation, Physical Review E 78 (2008) 061803. https://doi.org/10.1103/PhysRevE.78.061803 [21] A. Bhattacharya, et al., Scaling exponents of forced polymer translocation through a nanopore, European Physical Journal E 29 4 (2009) 423-429. https://doi.org/10.1140/epje/i2009-10495-5 [22] K. Luo, T. Ala-Nissila, S. Yingand, R. Metzler, Driven polymer translocation through nanopores: Slow-vs.-fast dynamics, Europhysics Letters 88) 2009( 68006. https://doi.org/10.1209/0295-5075/88/68006 [23] J. Wang, Y. Wang, K. Luo, Dynamics of polymer translocation through kinked nanopores, Journal of Chemical Physics 142 8 (2015) 084901. https://doi.org/10.1063/1.4913468 [24] T. Menais, Polymer translocation under a pulling force: Scaling arguments and threshold forces, Physical Review E 97 2 (2018) 022501. https://doi.org/10.1103/PhysRevE.97.022501 [25] S. Plimpton, Fast parallel algorithms for short-range molecular dynamics, Journal of Computational Physics 117 1 (1995) 1-19. https://doi.org/10.1006/jcph.1995.1039 [26] W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, VMD: visual molecular dynamics, Journal of molecular graphics 14 1 (1996) 33-38. https://doi.org/10.1016/0263-7855(96)00018-5 [27] T. Williams, C. Kelley, Gnuplot 4.4: an interactive plotting program (2010). | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 850 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 347 |